Acompañado de Juan José Jayo y Martín Quintero, empezó su nuevo ciclo como técnico interino de .

El ex arquero asumió el cargo luego de que Gustavo Roverano dejara el cargo tras los malos resultados. Francisco Pizarro era el preparador de arqueros y hoy se puso el buzo de técnico de Alianza Lima.

En el 2013 Francisco Pizarro también fue técnico de Alianza Lima, tras la renuncia de Wilmar Valencia, y logró clasificar a la Copa Sudamericana.