Los fundadores de El Comercio fueron Manuel Amunátegui y Alejandro Villota, dos emprendedores del siglo XIX que llegaron al Perú como parte de las fuerzas realistas, el primero; y del ejército libertador, el segundo.
Amunátegui, que nació en 1802 en Chillán, al sur de Santiago, tuvo una precoz vocación militar, que lo llevó desde los once años a integrar el ejército español. Allí forjó su carácter tenaz y sereno, madurando progresivamente sus convicciones y sus pasiones, entre ellas el periodismo. Tras la Batalla de Ayacucho, echó raíces en esas tierras, donde conoció a la dama peruana Dominga Ayarza, con quien contrajo matrimonio.
Además, fue en Ayacucho donde entabló amistad con Alejandro Villota, participando ambos en la creación del periódico local “El Indígena”. No obstante, las precarias condiciones económicas los obligaron a migrar a Cerro de Pasco, dedicándose a otras actividades para poder sobrellevar la crisis.
Las pocas expectativas de mejoría empujaron a Amunátegui a regresar a su país, donde recibió el apoyo de su familia, pero retornó al Perú como parte del ejército Restaurador. Disuelta la Confederación Peruano-boliviana, el destino lo reunió nuevamente con Villota en Lima.
Villota fue oriundo de Buenos Aires, donde nació en 1803. Desde joven se afilió a las causas patriotas bajo el liderazgo de José de San Martín, sumándose a su ejército libertador en calidad de “Auditor de Guerra”. Pisó suelo peruano en 1820, y por orden del general Juan Antonio Álvarez se dirigió hasta Ica para informar a San Martín de los movimientos de su ejército en Pisco.
Tiempo después abandonó la vida militar y se radicó en Ayacucho, donde conoció a Amunátegui, asociándose con él en una primigenia aventura periodística. Y, después, también lo acompañó en su viaje hacia Cerro de Pasco.
Mientras Amunátegui viajó a Chile, Villota se sumergió en actividades empresariales ligadas a la minería y la agricultura, y por estos asuntos termina retornando a la capital. En febrero de 1839 se encuentran nuevamente en Lima. No solamente comparten recuerdos, sino que reviven anhelos, como el de poner en tinta en y papel el sueño de un diario diferente.
Militantes en su momento en bandos contrarios, habían entendido que la capitulación de Ayacucho abría las puertas para la consolidación de un estado moderno. Sobre esa perspectiva sumaron sus ideales y sus caracteres disímiles, pero complementarios. Amunátegui era reflexivo y ponderado, en tanto Villota destacaba por su ímpetu y su carisma.
Juntos, en pocas semanas, darían forma al proyecto sobre el cual habían conversado en varias oportunidades. El 4 de mayo de 1839, bajo el lema Orden, Libertad y Saber, nació El Comercio.
Amunátegui, quien desde un inicio ejerció la dirección intelectual del diario, convocaba con frecuencia a las mentes más ilustradas de la nación a su casa particular, ubicada en el mismo local en donde funcionaba la imprenta del Diario. A esas tertulias concurrían personajes de la talla de Mateo Paz Soldán, Javier de Luna Pizarro, Francisco de Paula Gonzales Vigil, José Gálvez, Manuel Pardo y Miguel Grau, entre otros.
La muerte sorprendió a Amunátegui la tarde del 21 de octubre de 1886, en su habitación, mientras leía un periódico. Villota viajó a Valparaíso entre finales de 1841 y principios de 1842, donde recibió con alborozo la información de que el Diario había alcanzado las mil ediciones. Tras volver a Lima, en 1847 enrumbó a Estados Unidos y Europa con la misión de obtener maquinarias para instalar una fábrica de papel. Regresó al Perú y fue un infatigable colaborador de Amunátegui hasta que una enfermedad lo forzó a retornar a Europa para recibir tratamiento. Sus últimos días los vivió en París, en donde su salud se fue mermando hasta quebrar la fortaleza que siempre lo caracterizó. Allí falleció el 20 de febrero de 1861.