Estando en Roma en el año 1950, el cardenal Juan Gualberto Guevara, arzobispo de Lima, le pidió a monseñor Escrivá de Balaguer que el Opus Dei viniese a Lima. El 9 de julio de 1953 llegó al antiguo aeropuerto de Lima el sacerdote Manuel Botas, acompañado por el historiador Vicente Rodríguez Casado, para empezar el Opus Dei en el Perú. Para entonces, los peruanos Luis Sánchez-Moreno y Javier Cheesman Jiménez se habían incorporado al Opus Dei en Madrid y Sevilla, respectivamente. El 24 de noviembre de 1954, por su parte, aterrizaron en Lima tres jóvenes españolas que fueron recibidas por la primera supernumeraria peruana, doña Isabel Thorne de Cipriani, que había solicitado la admisión a la Obra algunos meses antes.
Es bien conocido que el mensaje evangélico del Opus Dei es la santificación en medio del mundo; el cultivo del amor de Dios a través de las labores ordinarias del cristiano en la vida ordinaria. Los cristianos estamos llamados a la santidad, una vida coherente con nuestra condición de hijos de Dios. La mayoría de los cristianos debemos santificarnos en el mundo. Así seguimos las pisadas de Jesús, que trabajó como carpintero y vivió como hijo de una familia judía, en una pequeña aldea, durante 30 años.
En 1957, la Santa Sede le encomendó al Opus Dei la prelatura nullius de Yauyos, un territorio de misión en la sierra central, con escasez de clero y difíciles condiciones geográficas, a pesar de que constituía dos provincias de la región de Lima.
La presencia de la Obra en el país no se limita a los centros que tiene en Piura, Chiclayo, Lima, Cañete y Arequipa. Agregados y supernumerarios de la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz y Opus Dei, que han estudiado en los seminarios de sus diócesis y que dependen de sus respectivos obispos, se han incorporado a la Obra siendo ya sacerdotes: ellos reciben atención y acompañamiento espiritual de los sacerdotes numerarios del Opus Dei. Muchos viven en la sierra, otros en la costa. De este modo, la Obra está presente en la mayoría de las regiones peruanas. Lo mismo pasa con los supernumerarios y agregados laicos, que se han incorporado a la Obra en diversas ciudades peruanas.
Cuando San Josemaría Escrivá visitó el Perú en 1974, tuvo palabras de elogio para los retablos y ornamentos de los oratorios de los centros de la Obra, contento de que el Señor estuviese bien tratado. La huella del paso de San Josemaría por el Perú se aprecia en la extensión de su devoción a lo largo y ancho del territorio nacional, ahora que estamos próximos a cumplir 70 años de labor apostólica este 9 de julio.