El 26 de junio de 1541 Juan de Herrada y 11 almagristas lo ultimaron con una estocada en la yugular, poniendo fin así a una biografía llena de aventuras y conquistas.
Sus desacuerdos con Diego de Almagro precipitaron el trágico final. Este tomó el Cusco, pero fue derrotado en la Batalla de Salinas por Hernando Pizarro. Tras ser ejecutado sus seguidores juraron venganza.
Al amanecer del día de su muerte una leve llovizna caía sobre Lima. El anciano conquistador había pasado una mala noche y había decidido no asistir a misa.
Antes que los conjurados irrumpieran en su residencia, los rumores ya habían llegado a oídos del fundador de Lima. Sabía que lo querían matar.
Los relojes marcaban el mediodía cuando los almagristas asaltaron la residencia y mataron al paje Hurtado, quien se interpuso para salvar a su jefe.
El conquistador, que había ido en busca de sus armas, cogió su espada y encaró a sus enemigos apoyado por sus leales Martín de Alcántara y Ortiz de Zárate.
El combate se prolongó a pesar de ser desigual, pero al final Pizarro fue herido en la garganta y cayó al piso. Dicen que antes de expirar exclamó: “¡Jesús!”.
Según informó El Comercio, el 17 de junio de 1977, durante el retiro de la tumba del vigésimo arzobispo de Lima, Francisco Javier de Luna Pizarro, se produjo el fortuito descubrimiento de las reliquias de Francisco Pizarro.
Luego de derrumbarse el muro de la hornacina, se encontró la caja de plomo con el cráneo y un fragmento de espada pequeño (solo la empuñadura y unos 10 centímetros de la hoja de acero).
En la mencionada caja se podía leer lo siguiente: “Aquí está la cabeza del señor marqués don Francisco Pizarro, que descubrió y ganó los reinos del Perú y puso en la real corona de Castilla”.
El 10 de enero de 1985, cuatro siglos después de su muerte, y dando fiel cumplimiento a su voluntad testamentaria, los restos de Pizarro fueron trasladados en una ceremonia al puro estilo del siglo XVI, a la remodelada Capilla del Marqués, ubicada al costado derecho de la Catedral de Lima.
En aquella oportunidad el acto fue presidido por el arzobispo auxiliar de Lima, monseñor Javier Ariz y por el presidente del cabildo metropolitano, monseñor Pedro Laos. Asistieron el embajador de España, Pedro Bermejo, el obispo de Badajoz, Extremadura, región originaria del conquistador, monseñor Antonio Montero y el alcalde interino de Lima, Henry Pease.
Los restos hallados en 1977 por fin descansaban en un catafalco de multicolores mármoles italianos.
El 25 de abril de 1984 El Comercio informó que los restos del conquistador español, que se encontraban en ese momento en el Museo Religioso de la Catedral de Lima, eran objetos de estudio por parte de científicos norteamericanos, quienes estaban recogiendo muestras, a fin de realizar análisis para saber la edad de Pizarro al momento de su muerte.
El 17 de agosto de 1984 el decano publicó en su portada que “partículas de la espada con que había sido victimado Pizarro habían sido halladas, con la ayuda de un reactor nuclear de la Universidad de Missouri, en la pieza del brazo derecho del conquistador español.
Con ello quedaba confirmado que los restos (cráneo y esqueleto) encontrados en 1977 en la Catedral de Lima correspondían al conquistador europeo.
En consecuencia, quedaba descartado que la momia que se exhibía en esos momentos en la Catedral tuviera alguna relación con los restos de Pizarro.
La reconstrucción del verdadero rostro que tuvo Francisco Pizarro, así como la ratificación de que murió a los 63 años por una estocada en el cuello, fueron logradas en la universidad norteamericana de Florida, mediante una técnica utilizada por el FBI, reveló nuestro diario el 26 de octubre de 1984.
Para una pesquisa científica minuciosa, se enviaron desde Lima la calavera y un fragmento de su costilla, pero sin revelar de quien eran esos restos y solo advirtiendo que pertenecían a un hombre de raza europea.
Para la reconstrucción del rostro, la antropóloga y escultora norteamericana Helen Gatly se valió de una técnica avanzada, con ayuda de computadoras y otros instrumentos. La réplica fue elaborada en plástico.
Para determinar su edad y otros pormenores se empleó una técnica utilizada para establecer la edad de los árboles.
Se concluyó, además, que el conquistador había recibido la estocada mortal entre la cuarta y quinta vértebras del cuello, lo que le produjo la paralización de brazos y piernas. También se constató que sus atacantes le infligieron por lo menos otras 17 heridas aquel 26 de junio de 1541.
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