Ninguna prueba de diagnóstico de SARS-CoV-2 en el mercado puede identificar el tipo de variante. La única forma de descubrirlo es mediante un proceso de secuenciación genómica, que puede tardar días o semanas. Sin embargo, la nueva cepa ómicron puede ser detectada por cierto tipo de prueba molecular o RT-PCR: el kit TaqPath, de la empresa Thermo Fisher. Esto ha permitido una rápida detección de los casos de ómicron en distintas partes del mundo, en comparación con otras variantes. ¿Pero por qué ocurre?
En primer lugar, hay que entender que para detectar un caso de SARS-CoV-2 las pruebas moleculares se basan en el reconocimiento de regiones de distintos genes del virus. Estos pueden variar dependiendo del fabricante de las pruebas. Por ejemplo, el kit de diagnóstico de Thermo Fisher se enfoca en el análisis del gen orf1a/b, el gen S y el gen N.
Lo que ocurre con ómicron es que la gran cantidad de mutaciones que tiene en el gen S impide que el kit de esa empresa reconozca esa región. Es decir, identifica dos de los tres genes objetivos.
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Este fenómeno ha sido llamado falla del gen S y –de acuerdo con la Organización Mundial de la Salud (OMS)– puede usarse como marcador de la variante; en otras palabras, ayuda a detectar rápidamente un caso potencial de ómicron, mientras se espera la confirmación de la secuenciación del genoma.
“Con este enfoque, la variante [ómicron] se ha detectado a un ritmo más acelerado que los aumentos repentinos de infección anteriores”, indica la OMS.
Pedro Romero, biólogo molecular de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, opina que el uso de la falla del gen S puede ser útil ahora, cuando la variante sigue expendiéndose a más países. Por ejemplo, puede ayudar a identificar casos potenciales en personas que hayan llegado del exterior. Pero una vez que la cepa se haya vuelto frecuente o predominante en un país, ya no sería de mucha utilidad.
Asimismo, Romero aclara que no todos los casos de falla del gen S están asociados a ómicron. Este fenómeno, aunque no es muy común, se ha podido ver en otras variantes, como delta y lambda.
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–Diagnóstico seguro–
De acuerdo al Instituto Nacional de Salud (INS), el Perú no ha adquirido kits de diagnóstico TaqPath de Thermo Fisher. Pero eso no nos pone en desventaja, ya que contamos con varias pruebas moleculares para la detección general del SARS-CoV-2. Respecto al temor que puede haber sobre si las pruebas moleculares dejarán de ser útiles frente a ómicron y sus mutaciones, Óscar Escalante, biólogo molecular e investigador del INS, explica que los test que se emplean en el Perú y en el mundo se enfocan en las partes del genoma del virus más conservadas; es decir, que menos cambios pueden presentar.
Por tal motivo, las pruebas moleculares siguen siendo herramientas efectivas para detectar el virus, sin importar la variante.
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