Desde hace varios años la minería ilegal viene afectando a la Reserva Nacional , ubicada a 23 kilómetros al sur de (). Una reciente intervención reveló que empresarios de la zona de amortiguamiento a fin de usarla en obras de construcción.

Representantes de la Fiscalía Especializada en Materia Ambiental (FEMA) de Maynas, la Policía Nacional del Perú y el Servicio Nacional de Áreas Naturales Protegidas por el Estado () paralizaron la ilícita actividad que ha deforestado recientemente 10 hectáreas de la zona de amortiguamiento.

La intervención se realizó en el Fundo la Tranquera, ubicado a la altura del kilómetro 19.4 de la margen derecha de la carretera Iquitos-Nauta. Durante el operativo se inmovilizó un camión volquete y dos cargadores frontales que eran utilizados para remover suelos arenosos, tumbar bosques primarios de varillal y transportar la arena extraída.

Otro hecho que llamó la atención fue la presencia de una cantera de basura que se ubica a un kilómetro de distancia de la Reserva Nacional Allpahuayo Mishana. Según las autoridades, esta propuesta de la Municipalidad Provincial de Maynas representaría un alto riesgo ambiental para esta área natural protegida, su biodiversidad, recursos naturales y fuentes agua como el río Nanay, principal abastecedor de la ciudad de Iquitos.

La Reserva Nacional Allpahuayo Mishana guarda un ecosistema único en el país: los bosques de varillal y chamizal sobre la arena blanca y los bosques inundables por aguas negras del río Nanay.